Alternativer Compiler zum Installieren von R-Paketen: Fehler beim Installieren von rJava

Dies liegt daran, dass R 3.4.0 von CRAN mit llvm-4.0.0 kompiliert wurde (welches OpenMP unterstützt), aber Apples Fork (standardmäßig auf macOS installiert) nicht unterstützt OpenMP. Es gibt drei Lösungen

1. Verwenden Sie die von CRAN bereitgestellten Paketbinärdateien, z. install.packages(type = "binary") .
2. Installieren Sie einen Compiler, der OpenMP unterstützt, wie z. B. gcc oder clang, jedoch müssen Sie auch Variablen in Ihrer persönlichen makevars-Datei ( ~/.R/Makevars ) ändern.
3. Unset SHLIB_OPENMP_CFLAGS und SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS in Ihrem ~/.R/Makevars

Für 2. Sie können die Compiler mit brew install clang oder brew install gcc --without-multilib installieren, dann müssen Sie den Compiler-Pfad zu Ihrer ~/.R/Makevars Datei hinzufügen.

oder für gcc verwenden (doppelte Überprüfung gcc ausführbare Datei existiert und wird korrekt benannt)

Alternativ können Sie ein von CRAN bereitgestelltes LLVM 4.0 installieren und die Datei Makevars entsprechend einstellen.

Für 3. müssen Sie einfach die SHLIB_OPENMP_CFLAGS

Weitere Informationen finden Sie unter OpenMP-Unterstützung in Schreiben von R-Erweiterungen.

Hinweis: Dieser Fehler hat nichts mit Java oder insbesondere dem rJava-Paket zu tun, daher könnte die Frage idealerweise in clang: error: unsupported option '-fopenmp' umbenannt werden.

Das Ausführen von "Following in Terminal" behebt den Paket-Download auch in RStudio und Sie können die Rjava oder R-App ohne Probleme ausführen.