R: Welche Heatmap / Bild, um eine Zeile sortierte Handlung ohne Dendrogramm zu erhalten?

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Welches Paket eignet sich am besten für eine Heatmap / ein Bild mit nur Zeilensortierung, aber kein Dendrogramm oder andere visuelle Unordnung (nur ein 2D-Farbraster mit automatisch benannten Beschriftungen auf beiden Achsen) . Ich brauche kein fantastisches Clustering jenseits der grundlegenden numerischen Sortierung. Die Daten sind eine 39x10-Tabelle von Zahlen im Bereich (0,0.21), die ich visualisieren möchte.

Ich suchte SO (siehe dies ) und die R-Sites und versuchte ein paar aus. Schauen Sie sich R Graphical Manual an, um eine ausgezeichnete durchsuchbare Liste von Screenshots und entsprechenden Paketen zu sehen .

Die Auswahl an Paketen ist verwirrend - welche ist die bevorzugte Heatmap (wie ggplot2 für die meisten anderen Plots)? Hier ist, was ich bis jetzt herausgefunden habe:

base::heatmap ist ärgerlich, selbst mit args heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) wird immer noch das unerwünschte Dendrogramm in Zeilen dargestellt.

Im Moment gehe ich mit pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) vor und sortiere meine Tabelle manuell vor, wie dieser Typ: Reihenfolge der Zeilen in Heatmap?

Addendum: um den Wert innerhalb jeder Zelle anzuzeigen, siehe: eine Matrix einschließlich der Werte als Heatmap anzeigen . Ich brauchte das nicht, aber es ist nett zu haben.

    
smci 12.05.2012, 08:12
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2 Antworten

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Mit pheatmap können Sie die Optionen treeheight_row und treeheight_col verwenden und diese auf 0 setzen.

    
Raivo Kolde 12.05.2012, 21:59
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nur eine andere Option, die Sie nicht erwähnt haben ... package bipartite , da es so einfach ist, wie Sie sagen

%Vor%     
user1317221_G 12.05.2012 09:00
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