Welches Paket eignet sich am besten für eine Heatmap / ein Bild mit nur Zeilensortierung, aber kein Dendrogramm oder andere visuelle Unordnung (nur ein 2D-Farbraster mit automatisch benannten Beschriftungen auf beiden Achsen) . Ich brauche kein fantastisches Clustering jenseits der grundlegenden numerischen Sortierung. Die Daten sind eine 39x10-Tabelle von Zahlen im Bereich (0,0.21), die ich visualisieren möchte.
Ich suchte SO (siehe dies ) und die R-Sites und versuchte ein paar aus. Schauen Sie sich R Graphical Manual an, um eine ausgezeichnete durchsuchbare Liste von Screenshots und entsprechenden Paketen zu sehen .
Die Auswahl an Paketen ist verwirrend - welche ist die bevorzugte Heatmap (wie ggplot2 für die meisten anderen Plots)? Hier ist, was ich bis jetzt herausgefunden habe:
base::heatmap
ist ärgerlich, selbst mit args heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE)
wird immer noch das unerwünschte Dendrogramm in Zeilen dargestellt.
Im Moment gehe ich mit pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE)
vor und sortiere meine Tabelle manuell vor, wie dieser Typ: Reihenfolge der Zeilen in Heatmap?
Addendum: um den Wert innerhalb jeder Zelle anzuzeigen, siehe: eine Matrix einschließlich der Werte als Heatmap anzeigen . Ich brauchte das nicht, aber es ist nett zu haben.
Mit pheatmap
können Sie die Optionen treeheight_row
und treeheight_col
verwenden und diese auf 0 setzen.
nur eine andere Option, die Sie nicht erwähnt haben ... package bipartite
, da es so einfach ist, wie Sie sagen