Gleichzeitiges Verwenden von CLion und PyCharm

Ich verwende CLion und PyCharm gleichzeitig in einem Projekt. Wenn ich von CLion zu PyCharm oder umgekehrt wechsle, erscheint die folgende Meldung:

Ich habe bemerkt, dass meine Quellverzeichnisse bei jedem Wechsel zu PyCharm widerrufen wurden. Dies ist ein Problem, da ich diese Verzeichnisse als Quelle markieren muss, damit sie automatisch in die Python-Pfadvariable aufgenommen werden, die als Laufkonfiguration konfiguriert ist.

Das Neuladen des Projekts ist zeitaufwendig (insbesondere mit C ++ - Code). Gibt es Möglichkeiten, das Nachladen zu vermeiden oder überhaupt auf diese Nachricht zu stoßen?

Ich verwende CLion 1.2.2 und Pycharm 5.0.2 unter Ubuntu 15.10