Wie clustert man nur die Spalte in R heatmap.2?
Ich habe die a Daten, die ich eine Heatmap mit Dendrogramm-Clustering nur für die Spalte zeichnen möchte. Wie kann ich das erreichen?
Die Daten bestehen nur aus einer Zeile, aber mehreren Spalten. Beachten Sie, dass ich den Cluster buchstäblich in der Spalte haben möchte und ihn nicht in den Zeilencluster transponiere.
Dies ist der Code, den ich habe, der nicht funktioniert hat.
%Vor% Das Bild sieht so aus:
2 Antworten
Müssen Sie explizit die Funktion heatmap.2() verwenden? Wenn nicht, dann schlage ich vor, dass du die Funktion pheatmap() aus dem Paket pheatmap in Betracht ziehst, da es dir ermöglicht, das Talent zu erreichen, das du mit relativ minimaler Gymnastik anstrebst.
Zunächst würde ich die erste Spalte in Ihrem Datensatz loswerden. Um jedoch die Informationen beizubehalten, würde ich die Affymetrix-ID als Zeilennamen in den Datenrahmen einfügen:
%Vor% Danach könntest du den Rest deines Codes bis zum tatsächlichen Plotten der Heatmap laufen lassen. Zu diesem Zeitpunkt greifen Sie auf pheatmap() zurück. Es funktioniert sehr ähnlich wie heatmap.2() , aber die Namen der Argumente sind unterschiedlich. Der folgende Befehl sollte Sie den Rest des Weges oder in der Nähe davon erhalten:
Argumente mit Anmerkungen in ihren Namen fügen die Farben der Spaltenseite hinzu. Wenn Sie Ihre eigene Abstandsfunktion verwenden möchten, können Sie ihre Ausgabe als Eingabe für pheatmap() mit dem Argument clustering_distance_cols angeben. Weitere Informationen finden Sie in der Hilfe zum pheatmap-Paket. Siehe auch eine Beispieldarstellung unten.
Ein bisschen wie ein Hack, um die Beschränkung "jede Dimension muss zwei oder mehr sein" zu umgehen, können Sie rbind die einzelne Zeile für sich selbst, entlang der Linien von
Sie müssen die Etiketten möglicherweise manuell anpassen. Ich habe die erste Spalte von dat.all genommen (mit der [,-1] , da die Affymetrix-ID in die Quere kam, wenn ich sie übertrage - brauchst du das vielleicht nicht in der wahren Version?