Verwendung von rgl mit Headless-Display

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Ich habe Xfvb installiert und eine Anzeigeinstanz instanziiert:

%Vor%

Ich habe dann R 3.2.5 und rgl 0,95.1441 getrennt von der Quelle installiert, und ich habe R mit einer Verbindung zu DISPLAY auf Port 2 geöffnet. Ich habe dann versucht, eine Test-rgl-Sitzung mit einigen grundlegenden rglo-Routinen auszuführen:

%Vor%

Der Befehl rgl.postscript() sollte hier eine PDF-Datei ausgeben, die das Rendering der an plot3d() übergebenen Datenpunkte enthält. Die resultierende PDF-Datei ist jedoch leer.

Gibt es ein Konfigurationsproblem bei der Installation oder Instanziierung von Xvfb und / oder R, was zu Anzeigeproblemen führt?

Hier ist ein Protokoll einer typischen Laufsitzung:

%Vor%

Zusätzlich zu Fedora 14 habe ich auch die gleiche Version von R und rgl unter CentOS Linux Release 7.2.1511 getestet.

Auf der Fedora 14-Box renne ich:

%Vor%

In der CentOS 7-Box läuft:

%Vor%

Wenn ich mein Test R -Skript unter beiden Testservern ausführe, erhalte ich ein weißes, leeres PDF von rgl.postscript() und ein schwarzes, leeres PNG von rgl.snapshot() (zusammen mit den gleichen Xvfb log -Anweisungen).

Ich möchte betonen, dass ich eine PDF-Datei erstellen möchte, die die gerenderte Szene enthält, die in einem vektorbasierten Format vorliegt. Während rgl.snapshot() bei der Problembehandlung helfen kann, gibt dieser Aufruf eine PNG-Bitmap zurück, keine Vektor-formatierte PDF-Datei. Eine Bitmap ist nicht als Endprodukt für meine Zwecke nützlich.

Zusätzlich zur Ausführung von R mit der Variablenvariable DISPLAY , die an sie übergeben wurde, habe ich auch export :

verwendet %Vor%

Oder:

%Vor%

Beide Ansätze führen zu denselben Ergebnissen.

Wenn andere Details nützlich wären, hinterlassen Sie bitte einen Kommentar mit Einzelheiten und ich werde tun, was ich tun kann.

Weder die Fedora 14 noch die CentOS 7 Box sollten proprietäre libgl Treiber haben. Soweit ich weiß, handelt es sich um eigenständige, kopflose Server. Die Fedora 14-Box ist eigentlich eine virtuelle Maschine. Wenn es einen bestimmten Weg zur Bestätigung gibt, lass es mich wissen.

Ich habe das folgende Xdummy -Paket unter dem Fedora 14 Headless Server installiert:

%Vor%

Auf der CentOS 7 Maschine:

%Vor%

Auf dem CentOS 7-Server starte ich das Xdummy -Skript, um eine Anzeige auf :10 :

%Vor%

In einer anderen Shell starte ich R und die Test-RGL-Routinen:

%Vor%

Wie bei Xvfb ist die resultierende PDF-Datei ein leeres Dokument und enthält keine Datenpunkte.

    
Alex Reynolds 30.05.2016, 08:42
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1 Antwort

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Dies scheint eng mit dem rgl -Paket verknüpft zu sein. Angenommen, wir werfen Xvfb und Freunde zugunsten von Cairo und ersetzen plot3D für rgl :

%Vor%

Dies muss immer noch unter X11 (dh xterm) laufen, vermeidet aber das Aufrufen eines X11-Fensters und lässt ein PDF-Diagramm in Rplots.pdf zurück (Sie können die Dateinamen natürlich zusammen mit vielen anderen Details des Grundstück.)

(In JPEG konvertiert, um hier eingefügt zu werden, aber es ist wirklich ein PDF.)

    
cdlane 07.06.2016 21:59
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