Hierarchisches Clustering von Zeitreihen in Python scipy / numpy / pandas?
Ich habe einen DataFrame mit einigen Zeitreihen. Ich habe eine Korrelationsmatrix aus diesen Zeitreihen erstellt und möchte ein hierarchisches Clustering auf dieser Korrelationsmatrix erstellen. Wie kann ich das machen?
%Vor%Nun, wie kann das hierarchische Clustering auf dieser Matrix aufgebaut werden?
1 Antwort
Hier ist eine Schritt-für-Schritt-Anleitung, wie man die erstellt Hierarchisches Clustering und Dendrogramm aus unseren Zeitreihen mit SciPy. Bitte beachten Sie, dass auch scikit-learn (eine leistungsfähige Datenanalyse-Bibliothek, die auf SciPY basiert) viele andere Cluster-Algorithmen implementiert.
Zunächst erstellen wir einige synthetische Zeitreihen, mit denen wir arbeiten können. Wir werden 6 Gruppen von korrelierten Zeitreihen erstellen und erwarten, dass das hierarchische Clustering diese sechs Gruppen erkennt.
%Vor% 
Jetzt machen wir das Clustering und plotten es:
%Vor% 
Wenn wir entscheiden wollen, welche Art von Korrelation anzuwenden ist oder um eine andere Distanzmetrik zu verwenden, können wir eine benutzerdefinierte Metrikfunktion bereitstellen:
%Vor% 
Um die Cluster abzurufen, können wir die fcluster-Funktion verwenden. Es kann auf verschiedene Arten ausgeführt werden (sehen Sie in der Dokumentation nach), aber in diesem Beispiel geben wir als Ziel die Anzahl der gewünschten Cluster an:
%Vor%Ausgabe:
%Vor%