Duell-Dendrogramme in r (Dendrogramme in R rücken)
Gibt es eine ziemlich direkte Möglichkeit, zwei Dendrogramme in 'r' zu plazieren? Die beiden Dendrogramme enthalten die gleichen Objekte, sind jedoch auf unterschiedliche Weise geclustert. Ich muss betonen, wie sich die Dendrogramme unterscheiden. So etwas wie das, was mit dem soundDB -Paket gemacht wurde, aber vielleicht weniger involviert und bodenwissenschaftlich orientiert?
Es wäre großartig, in der Lage zu sein, die Dendrogramme so auszurichten, dass die Anzahl der zwischen Objekten verlaufenden Geraden maximiert wird (siehe oben), da dies Unterschiede zwischen den Dendrogrammen hervorheben würde.
Irgendwelche Ideen?
2 Antworten
Es mag einen einfacheren Weg geben, aber ich sehe es nicht, also hier ist es von Grund auf:
%Vor% 
Ich kann mir keine Möglichkeit vorstellen, die Permutationen zu machen, um die geraden Pfeile zu optimieren (ich bin mit dem Zeichnen von Dendrogrammen zunächst nicht sehr vertraut). Wenn also jemand eine Idee hat, können Sie ihn gerne kommentieren, bearbeiten oder füge deine eigene Antwort hinzu.
Ich vermute, dass man das Paket ape verwenden sollte, was ein Paket mit ist Funktionen, um phylogenetische Bäume zu manipulieren.
Was Sie suchen, ist ein Tanglegram plot , mit dem Sie Dendrogramme visuell vergleichen können.
Eine Implementierung tanglegram ist im Paket dendextend in R verfügbar. In der Tat wurde es basierend auf dem oben genannten Code von plannapus entwickelt. Mehrere zugehörige Funktionen stehen ebenfalls zur Verfügung Diagramme mit minimalen Verstrickungen wie untangle_step_rotate_2side .
Tags und Links r ggplot2 plot hierarchical-clustering dendrogram