Diese Frage ist eine logische Folge meiner Versuche, Erfahrungen mit Erstellung reproduzierbarer Berichte aus R Markdown -Dokumenten über knitr und rmarkdown R-Pakete zu sammeln. Während es scheint, dass die Umwandlung .Rmd => HTML innerhalb von RStudio ( Knit HTML button) automatisiert ist, ist mein Versuch, das selbe außerhalb von RStudio ( Rscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")' ) zu machen, aufgrund der fehlenden Nachricht pandoc auf meinem fehlgeschlagen System. Dies ist höchstwahrscheinlich falsch, da RStudio es irgendwie geschafft hat, die Konvertierung durchzuführen. Daher ist es sehr wahrscheinlich ein Zugriffs- und / oder Pfadproblem .
Ohne zu wissen, wo RStudio pandoc verwaltet und Details über den Zugriff, habe ich beschlossen, install pandoc selbst zu installieren. Leider war sudo apt-get install pandoc nicht sehr hilfreich, da die aktuelle Version von pandoc in Ubuntus trusty Repository (14.04LTS) 1.12.2.1 ist. Gemäß der Nachricht rmarkdown ist Version 1.12.3 oder höher erforderlich. "Keine große Sache", dachte ich und befolgte Anweisungen zur Installation von pandoc im Falle einer zu alten Version im Repository ( Ссылка <) / a>). Das erfordert die Installation der Haskell-Plattform , die ziemlich groß ist und deren Ausgabe ziemlich ausführlich ist. Nach einiger Zeit wurde ich schließlich mit der folgenden Fehlermeldung begrüßt:
Erstens bin ich mir nicht sicher, wie ich es reparieren kann. Zweitens vermute ich sehr, dass es einen leichteren Weg geben sollte, um reproduzierbare Berichte mit rmarkdown und pandoc zu erzeugen. Ihr Rat wird geschätzt!
UPDATE (siehe Kommentare):
%Vor%Im Grunde hat @daroczig diese Frage in seinem Kommentar oben beantwortet, also werde ich es hier wiederholen, und werde eine Antwort auf die relevante kleinere Frage zu dem Problem hinzufügen, die nach dem Problem der Hauptfrage erschien.
1) "Eine binär kompilierte Version von Pandoc ist bereits mit RStudio ausgeliefert, Sie können also einfach einen Symlink erstellen , so dass Sie dies leicht außerhalb des RStudio-Ökosystems verwenden können: Ссылка ";
2) Ich habe den Fehler behoben, der nach der Anwendung des obigen Hinweises aufgetreten ist (siehe meinen Kommentar), indem ich opts_chunk() mit explizitem Paketverweis : knitr::opts_chunk() anführst und dabei den folgenden Richtlinien folge: Ссылка (Danke an @Yihui, dass er mich auf dieses Dokument in einer anderen Frage hingewiesen hat: Übergang von Forschungsprojekt zu Knitr-basierten Setup ).
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