Angenommen, ich habe eine DNA-Sequenz. Ich möchte die Ergänzung davon bekommen. Ich habe den folgenden Code verwendet, aber ich verstehe es nicht. Was mache ich falsch?
%Vor% Verwenden Sie chartr , das für diesen Zweck erstellt wurde:
Geben Sie ihm zwei gleich lange Zeichenfolgen und Ihre Zeichenfolge. Auch über das Argument zur Übersetzung vektorisiert:
%Vor%Hinweis: Ich mache den Ersatz für die String-Repräsentation der DNA und nicht für den Vektor. Um den Vektor zu konvertieren würde ich eine Lookup-Karte als benannte Vektor erstellen und indizieren, dass:
%Vor%Das Bioconductor Paket Biostrings hat viele nützliche Funktionen für diese Art von Operation. Einmal installieren:
%Vor%verwenden Sie dann
%Vor%Es gibt auch ein Paket seqinr
%Vor%Biostrings hat ein viel kleineres Speicherprofil, aber Seqinr ist auch schön, weil Sie den Fall der Basen (einschließlich gemischt) wählen und sie zu allem ändern können, das Sie wollen, zum Beispiel, wenn Sie eine Mischung aus T und U in der wollen gleiche Reihenfolge. Biostrings zwingt Sie, entweder T oder U zu haben.
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