bioinformatics, Seitenzahl 1

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Beispiele für topologische Sortierungen in Massendiagrammen

Ich bin daran interessiert, einige reale, massive Datensätze zu finden (& gt; = 1M), die topologisch sortiert werden mussten. Vielleicht etwas in Bezug auf Bioinformatik?

12.06.2017, 00:03

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Wie konvertiere ich die drei Buchstaben Aminosäurencodes in einen Buchstabencode mit Python oder R?

Ich habe eine Fasta-Datei wie unten gezeigt. Ich möchte die Drei-Buchstaben-Codes in einen Buchstabencode umwandeln. Wie kann ich das mit Python oder R machen? %Vor% gewünschte Ausgabe %Vor% Ihre Vorschläge würden geschätzt werden! ...

06.10.2012, 13:39

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Wie ändere ich das in "idiomatische" Perl?

Ich fange an, tiefer in Perl zu gehen, aber ich habe Probleme, "Perl-ly" -Code zu schreiben, anstatt C in Perl zu schreiben. Wie kann ich den folgenden Code ändern, um mehr Perl-Idiome zu verwenden, und wie soll ich die Idiome lernen? Nur ein...

23.10.2009, 16:22

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Existiert eine reguläre Expression für die enzymatische Spaltung?

Gibt es einen regulären Ausdruck für die (theoretische) tryptische Trennung von Protein Sequenzen? Die Spaltungsregel für Trypsin ist: nach R oder K, aber nicht vor P. Beispiel: Die Spaltung der Sequenz VGTKCCTKPESERMPCTEDYLSLILNR so...

04.12.2009, 19:18

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Rekursive Generatoren in Python

Ich habe eine Funktion geschrieben, die einen Generator zurückgibt, der jede eindeutige Kombination von Teilzeichenfolgen mit einer bestimmten Länge enthält, die mehr als n Elemente aus einer primären Zeichenfolge enthält. Zur Veranschaulichu...

22.04.2012, 01:20

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Überschneidung von Regionen

Ich versuche, eine Möglichkeit zu finden, Zeilen mit sich überschneidenden Bereichen, die mit "start" - und "stop" -Spalten gekennzeichnet sind, zu reduzieren und die ausgeblendeten Werte in neuen Spalten aufzuzeichnen. Zum Beispiel habe ich die...

06.06.2013, 08:33

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Algorithmus Hilfe! Schneller Algorithmus bei der Suche nach einem String mit seinem Partner

Ich suche nach einem schnellen Algorithmus für Suchzwecke in einer riesigen Folge (es ist eine Organismusgenomsequenz, die aus Hunderten von Millionen bis Milliarden von Zeichen besteht). In dieser Zeichenfolge sind nur 4 Zeichen {A, C, G, T}...

10.01.2012, 22:17

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Regex Protein Verdauung

Also verdaue ich eine Proteinsequenz mit einem Enzym (für Ihre Neugier, Asp-N), das vor den von B oder D kodierten Proteinen in einer einbuchstabigen codierten Sequenz spaltet. Meine tatsächliche Analyse verwendet String#scan für die Captures...

18.05.2011, 23:30

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Woher bekomme ich Genexpressionsdaten?

Ich wollte Genexpressionsdaten herunterladen, die aus Microarray-Experimenten stammen. Ich weiß nicht viel über dieses Thema, aber wie ich verstehe, Zeilen entsprechen oft Genen und Spalten entsprechen Proben. Idealerweise erwarte ich eine Matri...

23.03.2012, 04:19

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Relevanz Vektor Maschine [geschlossen]

Ich suche nach einer Abstiegsimplementierung von Relevance Vector Machines. Kann irgendjemand eine Python-Bibliothek oder eine C ++ - Implementierung empfehlen, die ich anbinden könnte? Vielen Dank im voraus, EL

12.06.2013, 00:32