adjacency-matrix

Fragen
___ tag123r ___ R ist eine freie, quelloffene Programmiersprache und Softwareumgebung für statistische Berechnungen, Bioinformatik, Visualisierung und allgemeine Datenverarbeitung. Stellen Sie minimale, reproduzierbare, repräsentative Beispiele für Ihre Fragen bereit. Verwenden Sie dput () für Daten und geben Sie alle Nicht-Basis-Pakete mit Bibliotheksaufrufen an. Bilder für Daten oder Code nicht einbetten, eingerückte Codeblöcke verwenden. Verwenden Sie für statistische Fragen http://stats.stackexchange.com. ___ answer41296485 ___

Versuchen Sie, den Plotbereich größer zu machen:

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___ tag123igraph ___ iigraph ist ein kostenloses Softwarepaket zum Erstellen und Bearbeiten großer ungerichteter und gerichteter Graphen. Es ist in C geschrieben, hat aber Schnittstellen zu höheren Sprachen wie R, Python oder Ruby. ___ answer45714602 ___

Wenn Sie bei einer Darstellung als Netzwerk bleiben wollen, müssen Sie die Layout-Parameter des Graph-Layout-Algorithmus optimieren, in Ihrem Fall die von Fruchterman-Reingold , um ein schönes Layout zu erhalten.

Eine alternative Lösung wäre, eine andere Darstellung als einfache Matrix zu verwenden, siehe " Adjazenzmatrix-Plots mit R und ggplot2 ".

Zu guter Letzt könnten Sie die größte Komponente auswählen und diese separat zeichnen, so wie ich es normalerweise mache.

    
___ tag123adjacenylistmodel ___ hilf uns dieses Wiki zu bearbeiten ___ qstnhdr ___ Richtig große Adjazenzmatrix in R zeichnen ___ tag123adjacenycatrix ___ Ein Mittel zum Darstellen, welche Scheitelpunkte (oder Knoten) eines Graphen benachbart zu welchen anderen Scheitelpunkten sind. ___ qstntxt ___

Ich habe eine ziemlich große (aber recht spärliche) Adjazenzmatrix (500x500), die ich visuell darzustellen versuche. Es scheint mir, dass etwas, das einem kraftgesteuerten Graph ähnelt, meine beste Wette ist und während ich versuchte, den besten Weg herauszufinden, um dies zu implementieren, stieß ich auf mehr als eine Ressource für R. Am hilfreichsten war Netzwerkvisualisierung auf Ссылка Obwohl ich noch nie zuvor R verwendet habe, scheint es viele hilfreiche Funktionen für diese Art von Visualisierung zu haben.

Ich habe es geschafft, unten ein Diagramm zu erstellen, aber das Bild ist ziemlich klein und die Knoten sind gestapelt.

Die Auflösung ist etwas besser, wenn ich im Gegensatz zu einem PNG auf ein PDF drucke, aber ich habe immer noch das Stapelproblem. Meine Frage ist daher, wie würde ich eine große Adjazenzmatrix in R richtig auftragen, um diese Probleme zu lösen.

Mein Code ist wie folgt (mit den letzten paar Zeilen habe ich versucht, meine Daten zu plotten). Irgendwelche Tipps werden sehr geschätzt. Vielen Dank im Voraus.

Aus praktischen Gründen habe ich die beiden Dateien, die auf meinen GitHub verweisen, hier Ссылка hochgeladen.

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EDIT: Für jeden, der sich darüber wunderte, wie ich das gemacht habe, musste ich MATLAB benutzen und die Graph- und Plotfunktionen benutzen. Es sah ungefähr so ​​schlimm aus wie das R-Image, aber mit einigen Anpassungen der Knoten und der Verwendung der Zoom-Funktion funktionierte es gut genug. Ich wäre trotzdem daran interessiert, wie ich das in R machen könnte.

    
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Antwort

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