Ein Typproblem, bei dem zwei oder mehr Sequenzen aneinandergereiht werden müssen, im Allgemeinen zum Zweck der Identifizierung von Ähnlichkeiten zwischen ihnen. Diese Probleme sind in der Bioinformatik üblich, aber die Algorithmen, die zu ihrer Lösung verwendet werden, sind für die Ausrichtung anderer Arten von Sequenzen, wie zum Beispiel Textstrings, ebenso relevant. Eine Vielzahl von Algorithmen wurde entwickelt, um mit verschiedenen Teilmengen dieses Problems umzugehen.